El nombre del municipio se deriva de la palabra maya “Catazajá”, cuyo significado es “Valle Cubierto de Agua” o “Agua tendida”; se compone de los vocablos “kaa”, que significa valle, “Tasal” que significa tendido y “Ja” que significa agua. Los primeros asentamientos humanos de que se tiene registro, fueron de familias de origen maya, atraídas principalmente por la fauna existente en el sistema lagunar de la zona.
En la época colonial existían en la zona grandes extensiones de Palo de Tinte, conocido comúnmente en los Estados de Chiapas, Tabasco y Campeche con los nombres de palo negro, palo ek´, palo tinto y palo de Campeche y en otro lugares de América como palo sanguíneo; mismo que tenía una gran utilidad para la industria textil pues de él se obtenía la sustancia para teñir lana en negro o en azul, seda y algodón en negro.
Esto generó que en la zona donde actualmente se ubica el municipio de Catazajá, se establecieran diferentes familias de origen español, francés y austriaco.
Se atribuye la fundación del Pueblo de Playas de Catazajá al Capitán de Armas José Eusebio Sáenz de la Lastra, en el año de 1598, quién atraído por el potencial económico que representaba el corte y comercialización del Palo de Tinte, se estableció en la región, trayendo esclavos de Belice y Cuba. Durante la época colonial, Catazajá era el punto de embarque de diversas mercancías chiapanecas con destino a El Carmen, Campeche, realizándose el intercambio comercial por medio de canoas que recorrían las lagunas o ríos que surcan la región.
Es el 19 de Marzo de 1799 se eleva a la categoría de Villa, con el nombre de Villa de Playas de San José Catazajá, esto dado que en España en esa fecha se conmemora el Día del Padre, en honor a San José y el municipio ya resultaba ser un importante puerto de altura y cabotaje, dado que desde ahí se exportaba palo de tinte a España y Francia.
Actualmente el nombre oficial del municipio es Catazajá.
